2005. Markus Rosenberg återvänder som allsvensk skyttekung bara för att snart försvinna till proffslivet. MFF ligger med fem omgångar kvar av Allsvenskan åtta poäng efter Djurgården. Utsikten att försvara guldet är avlägsen, men gruppspelet i Champions League är inom räckhåll. MFF slår ut Maccabi Haifa i första kvalomgången och lottas mot schweiziska FC Thun i den andra och sista, men när 1-1 hemma följs upp av en 3-0-förlust borta är chansen borta. I UEFA-cupen besegrar MFF turkiska Besiktas med uddamålet borta, för att falla stort (1-4) hemma. Fyra tränarår med Tom Prahl är till ända. I årets slut ett stort beslut för framtiden: en enhällig kommunstyrelse ge klartecken till en ny, renodlad fotbollsarena i Malmö.
2006. Malmö FF anställer Sören Åkeby som tränare. Sören går in med ambitionen att reformera MFF enligt Djurgårdens framgångsrika 4-3-3-formel – men det vill sig inte. Efter en handfull matcher sker en återgång till 4-4-2; dessutom stör många skador under hela året. Säsongens mest minnesvärda period blir tre raka segrar över Halmstad, Helsingborg och Djurgården då Jari Litmanen får en kort men vacker blomning i laget. Därefter fortsätter en knagglig färd genom året som inte ens den dynamiska höstduon på topp, Junior och Jonatan Johansson, med sina 19 mål tillsammans kan leda till en bättre slutdestination än en sjundeplats.
2007. Malmö FF:s nya hemvist tar steget från dröm, skriv- och ritbord ut i verkligheten: den 23 april sker första spadtaget för Swedbank Stadion, och innan året är slut har de första betongpelarna och läktargradängerna kommit på plats. På fotbollsplanen är tiderna mindre strålande. Under Åkebys andra säsong gör MFF en hygglig vårhalva av serien, och har i en jämn serie toppen inom räckhåll också från en niondeplats med fem omgångar kvar. Men istället för att hitta formen på slutet tar MFF tvärstopp, förlorar fyra av de fem sista matcherna, blir kvar på den där niondeplatsen och slutar därmed för första gången under 2000-talet på nedre halvan av tabellen. P16-laget håller däremot fanan högt och tar SM-guld efter att ha gått genom serien utan att tappa en enda poäng.
2008. Roland Nilsson och Hans Gren tar över som tränare. Efter en stabil inledning av serien hamnar laget mitt i sommaren i en formsvacka som blir både lång och djup. Vid septembers utgång är kvalplatsen efter fyra raka förluster inte utom räckhåll – men då vänder det. MFF avslutar serien med sex raka utan förlust och fem segrar. 2008 är det stora byggåret för Swedbank Stadion, från det att takkonstruktionen börjar monteras till att de himmelsblå stolarna börjar sättas på plats. 2008 är också året då MFF genomför stora organisationsförändringar: styrelsen tar ett steg tillbaka från föreningens dagliga verksamhet och klubbens förste vd Pelle Svensson övertar den operativa ledningen.
2009. Detta var året då Swedbank Stadion äntligen stod färdig. Den 13 april hälsades Malmöpubliken välkommen in i den nya ”hemmaborgen”. Labinot Harbuzi blev historisk när han i den 61:a matchminuten gjorde det första målet på Swedbank Stadion i premiärmatchen mot Örgryte IS. Under säsongen var MFF ett bollskickligt lag som alltid försökte spela sig fram till motståndarnas mål utan att slå några längre bollar. Men det tjusiga spelet omsattes inte i någon vidare effektivitet. Med totalt 43 inspelade poäng slutade Malmö FF på en sjundeplats.
2010. Året då Malmö Fotbollförening fyllde hundra år, och vilken fest det hela blev. Allsvenskan utvecklades till ett race mellan MFF och grannen i nordväst, Helsingborgs IF. Den 15 september 2010 kom HIF på besök i en match som många menade var direkt avgörande för vem som skulle vinna serien. MFF drog det längsta strået och vann med 2-0. När MFF söndagen den 7 november besegrade Mjällby AIF med 2-0 på Swedbank Stadion var guldet klart. Värt att tillägga var att Malmö FF:s tifogrupp, MFF Tifosi 96 (MT96), firade hundraårsjubileet med att leverera tifon med historisk ankytning inför varje allsvensk hemmamatch.
2011. Efter guldåret var förväntningarna höga. Men klubben var inte i harmoni. Roland Nilsson försvann till FC Köpenhamn och ersattes av Rikard Norling. I Skånederbyt mot HIF tog en åskådare sig in på planen, matchen avbröts och HIF tilldömdes segern. I kvalet till Champions League besegrades Torshavn från Färöarna och FC Rangers från Skottland. Men sista hindret, Dinamo Zagreb från Kroatien, blev för svåra. Efter förlust med 4-1 borta vann MFF med 2-0 hemma, ett mål för lite. Malmö FF fick istället rikta in sig på spel i Europa League. Tyvärr blev det bara en poäng i gruppspelet, men MFF spelade upp sig i slutet av Allsvenskan och slutade på fjärde plats.
2012. En säsong där MFF blandade och gav, men aldrig utan att falla ifrån toppstriden helt och hållet. Med fyra vinster och ett kryss inför sista omgången levde guldchansen. Men resan till Solna och mötet med AIK blev inte den avslutning föreningen hade hoppats på. En 2-0-förlust placerade Malmö FF på en tredjeplats med 56 poäng.
2013. Året då MFF tog Lennart Johanssons pokal tillbaka hem till Malmö. På ett stormigt och regnigt Borås Arena spelade Guillermo Molins en huvudroll med två läckra mål. När domaren blåste av matchen kunde Malmö FF fira att föreningens 20:e ligaseger var vunnen. I säsongsavslutningen mot Syrianska hyllades Daniel Andersson när han avslutade sin spelarkarriär med att göra sin 460:e match i Malmö FF. Kvalet till Europa League gav segrar mot Drogheda United från Irland och Hibernian från Skottland, men tog stopp i tredje kvalomgången mot Swansea från Wales.
2014. Inför säsongen återvände egna produkten Markus Rosenberg efter en lång sejour utomlands. På tränarsidan presenterades norska Åge Hareide. För andra året i rad vann Malmö FF SM-guld. Guldet säkrades mot AIK på Friends Arena i den 27:e omgången efter seger, 3-2. Serieledningen intogs redan efter första omgången och släpptes aldrig över 30 omgångar. Parallellt kvalificerade sig MFF för gruppspel i Champions League efter segrar mot FK Ventspils från Lettland, Sparta Prag från Tjeckien och Red Bull Salzburg från Österrike. Hemmamötet mot österrikarna är en modern klassiker. Slutresultat 3-0 och fantastiska mål av Magnus Eriksson (volleylångskott) och Markus Rosenberg (balansgång på mållinjen). Gruppen i Champions League slutade med en fjärdeplats. Segern hemma mot Olympiakos gav föreningens första poäng någonsin i världens mest prestigefyllda klubblagsturnering.